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Taiwen Li Lab at SCU

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A d d i t i o n a l l y , h i s l a b e m p l o y s m u l t i o m i c s a n d c o m p u t a t i o n a l a p p r o a c h e s t o e x p l o r e t h e m e c h a n i s m s u n d e r l y i n g o r a l c a n c e r i n i t i a t i o n . D r . L i s r e s e a r c h h a s g a r n e r e d s i g n i f i c a n t r e c o g n i t i o n , w i t h h i s p a p e r s b e i n g c i t e d o v e r 1 6 , 0 0 0 t i m e s . H e h a s b e e n c o n s i s t e n t l y a c k n o w l e d g e d f o r h i s s c i e n t i f i c c o n t r i b u t i o n s , b e i n g l i s t e d a m o n g t h e T o p 1 % o f S c i e n t i s t s o n t h e S t a n f o r d L i s t a n d a s o n e o f E l s e v i e r s M o s t C i t e d C h i n e s e R e s e a r c h e r s . R e s e a r c h I n t e r e s t s O u r l a b s p e c i a l i z e s i n c a n c e r s y s t e m i m m u n o l o g y a n d o r a l c a r c i n o g e n e s i s , e m p l o y i n g a m u l t i o m i c s a n d c o m p u t a t i o n a l a p p r o a c h t o u n r a v e l t h e c o m p l e x i t i e s o f t u m o r i n i t i a t i o n a n d p r o g r e s s i o n . W e h a v e d e v e l o p e d a d v a n c e d c o m p u t a t i o n a l t o o l s t o a n a l y z e t h e t u m o r m i c r o e n v i r o n m e n t a n d i m m u n e i n f i l t r a t i o n , p r o v i d i n g i n s i g h t s i n t o t h e i m m u n e l a n d s c a p e s r o l e i n c a n c e r d e v e l o p m e n t a n d t h e r a p y r e s p o n s e . C o m b i n i n g m u l t i o m i c s a n d m o l e c u l a r b i o l o g y t e c h n i q u e s , w e c o n d u c t i n v i v o a n d i n v i t r o s t u d i e s a n d e x p l o r e i m m u n o t h e r a p y , i d e n t i f y i n g k e y m o l e c u l e s w i t h p o t e n t i a l f o r c a n c e r p r e v e n t i o n . O u r l a b f o c u s e s o n a d v a n c i n g t h e f i e l d o f c a n c e r s y s t e m i m m u n o l o g y b y d e v e l o p i n g a n d r e f i n i n g c o m p u t a t i o n a l t o o l s t o a n a l y z e t h e t u m o r m i c r o e n v i r o n m e n t . N o t a b l e c o n t r i b u t i o n s i n c l u d e T I M E R , T I S C H , a n d T R U S T , w h i c h f a c i l i t a t e t h e c o m p r e h e n s i v e a s s e s s m e n t o f t u m o r i m m u n e i n f i l t r a t i o n a n d t h e d y n a m i c i n t e r a c t i o n s w i t h i n t h e t u m o r m i c r o e n v i r o n m e n t . T h e s e t o o l s a r e i n s t r u m e n t a l i n e l u c i d a t i n g t h e r o l e s o f v a r i o u s i m m u n e c e l l s i n c a n c e r p r o g r e s s i o n a n d r e s p o n s e t o t h e r a p i e s , s u c h a s i m m u n e c h e c k p o i n t b l o c k a d e a n d p h o t o d y n a m i c t h e r a p y . B y i n t e g r a t i n g s i n g l e c e l l t r a n s c r i p t o m i c s , s p a t i a l t r a n s c r i p t o m i c s , m a s s c y t o m e t r y , a n d o t h e r h i g h t h r o u g h p u t t e c h n i q u e s , w e a i m t o p r o v i d e a d e e p e r u n d e r s t a n d i n g o f t h e i m m u n e l a n d s c a p e i n d i f f e r e n t c a n c e r t y p e s a n d d e v e l o p s t r a t e g i e s t o e n h a n c e i m m u n o t h e r a p e u t i c e f f i c a c y . O u r r e s e a r c h i n o r a l c a r c i n o g e n e s i s l e v e r a g e s m u l t i o m i c s a n d c o m p u t a t i o n a l a p p r o a c h e s t o u n c o v e r t h e m o l e c u l a r m e c h a n i s m s u n d e r l y i n g t h e i n i t i a t i o n a n d p r o g r e s s i o n o f o r a l c a n c e r . W e e m p l o y s i n g l e c e l l t r a n s c r i p t o m i c s , s p a t i a l t r a n s c r i p t o m i c s , a n d o t h e r a d v a n c e d m e t h o d o l o g i e s t o d i s s e c t t h e c e l l u l a r a n d m o l e c u l a r c h a n g e s i n t h e o r a l t i s s u e m i c r o e n v i r o n m e n t d u r i n g c a r c i n o g e n e s i s . O u r s t u d i e s h a v e h i g h l i g h t e d t h e i m p a c t o f g e n e t i c m u t a t i o n s , i m m u n e r e s p o n s e s , a n d s i g n a l i n g p a t h w a y s i n t h e d e v e l o p m e n t o f o r a l c a n c e r s . 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I t i n c l u d e s m o d u l e s f o r e x p l o r i n g a s s o c i a t i o n s b e t w e e n i m m u n e i n f i l t r a t e s a n d g e n e t i c o r c l i n i c a l f e a t u r e s , a s w e l l a s c a n c e r r e l a t e d a s s o c i a t i o n s i n T C G A c o h o r t s , a l l p r e s e n t e d i n f u n c t i o n a l h e a t m a p t a b l e s f o r e a s y c o m p a r i s o n a c r o s s m u l t i p l e c a n c e r t y p e s . ( C a n c e r r e s . 2 0 1 7 N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 2 0 , H o t P a p e r , O v e r 8 . 3 k c i t a t i o n s ) T I S C H 1 / T I S C H 2 T I S C H i s a n u p d a t e d r e s o u r c e f o r s i n g l e c e l l R N A s e q d a t a f r o m h u m a n a n d m o u s e t u m o r s , f e a t u r i n g 1 9 0 d a t a s e t s e n c o m p a s s i n g 6 m i l l i o n c e l l s a c r o s s 5 0 c a n c e r t y p e s . N e w f u n c t i o n a l i t i e s i n c l u d e a n a l y s e s o f c e l l c e l l c o m m u n i c a t i o n a n d s i g n i f i c a n t l i g a n d r e c e p t o r p a i r s , t r a n s c r i p t i o n f a c t o r e n r i c h m e n t v i s u a l i z a t i o n s , a n d t o o l s f o r i d e n t i f y i n g c o r r e l a t e d g e n e s w i t h s u r v i v a l d a t a . T I S C H 2 o f f e r s a u s e r f r i e n d l y p l a t f o r m f o r c o m p r e h e n s i v e g e n e e x p r e s s i o n a n a l y s i s i n t h e t u m o r m i c r o e n v i r o n m e n t . ( N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 2 1 2 0 2 3 , H i g h l y C i t e d P a p e r ) H U S C H H U S C H i s a c u r a t e d d a t a b a s e i n t e g r a t i n g n e a r l y 3 m i l l i o n s i n g l e c e l l R N A s e q p r o f i l e s f r o m 1 8 5 d a t a s e t s a c r o s s 4 5 h u m a n t i s s u e s . I t p r o v i d e s i n t e r a c t i v e v i s u a l i z a t i o n o f g e n e e x p r e s s i o n , d i f f e r e n t i a l g e n e a n a l y s i s , a n d f u n c t i o n a l i n s i g h t s f o r e a c h c e l l t y p e c l u s t e r , a l o n g w i t h d a t a i n t e g r a t i o n a n d h a r m o n i z a t i o n f o r c o m p r e h e n s i v e t i s s u e l e v e l a n a l y s i s . ( N u c l e i c A c i d s R e s . 2 0 2 3 ) T R U S T T R U S T i s a c o m p u t a t i o n a l a l g o r i t h m t h a t c a n e x t r a c t T C R / B C R i m m u n e r e p e r t o i r e s f r o m t u m o r b u l k o r s i n g l e c e l l R N A s e q d a t a . ( N a t G e n e t . 2 0 1 6 ) T h e l a t e s t v e r s i o n i s T R U S T 4 . O r a l D B O r a l D B s t a n d s o u t a s t h e f i r s t c o m p r e h e n s i v e a n a l y t i c a l p l a t f o r m d e d i c a t e d t o o m i c s d a t a f o r o r a l d i s e a s e s , f e a t u r i n g r o b u s t v i s u a l i z a t i o n c a p a b i l i t i e s . K e y f u n c t i o n a l m o d u l e s i n c l u d e d a t a s e t o v e r v i e w s , g e n e e x p r e s s i o n a n a l y s i s , d i f f e r e n t i a l g e n e e x p r e s s i o n a n a l y s i s , p a t h w a y e n r i c h m e n t a n a l y s i s , c e l l c e l l i n t e r a c t i o n i n f e r e n c e , a n d g e n e c o r r e l a t i o n a n a l y s i s . S E L I N A S E L I N A p r e s e n t s a n a u t o m a t e d f r a m e w o r k f o r a n n o t a t i n g s i n g l e c e l l R N A s e q d a t a u s i n g a r e f e r e n c e a t l a s o f 1 . 7 m i l l i o n c e l l s a c r o s s 2 3 0 h u m a n c e l l t y p e s . S E L I N A r e m o v e s b a t c h e f f e c t s , e n h a n c e s r a r e c e l l t y p e a n n o t a t i o n , a n d a l i g n s q u e r y d a t a w i t h a n a u t o e n c o d e r . I t i s r o b u s t a c r o s s v a r i o u s t i s s u e s a n d a c c u r a t e l y a n n o t a t e s c e l l s i n d i f f e r e n t d i s e a s e c o n t e x t s . ( C e l l R e p M e t h o d s . 2 0 2 3 ) Q u i c k L i n k : T I M E R 1 T I M E R 2 T I M E R 3 T I S C H 2 H U S C H O r a l D B © L i L a b i n W e s t C h i n a S c h o o l o f S t o m a t o l o g y a t S i c h u a n U n i v e r s i t y · 2 0 2 5 L a b U t i l i t i e s : R S t u d i o J u p y t e r H u b P l a n k a 四 川 大 学 华 西 口 腔 医 学 院 口 腔 疾 病 防 治 全 国 重 点 实 验 室 T e l : + 8 6 ( 0 2 8 ) 8 5 5 0 1 4 8 4         E m a i l : l i t a i w e n a t s c u . e d u . c n 蜀 I C P 备 2 0 2 2 0 1 8 7 6 9 号 1

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